Henüz beş yaşında bir çocuk; Adı Metin. Annesi gözaltında, babası siyasi polis tarafından aranıyor... Türkiye'de 12 Eylül askeri darbesinin ilk günleri. Metin de annesiyle birlikte hücrede bir gün geçirir. Ertesi gün Metin'in Bozcaada'da yaşayan dedesi torunun almaya gelir ve Metin'in ada günleri başlar. Üzüm bağları, dedesiyle balık tutma maceraları, kendi yaşlarında bir kızla ilk aşk ve ardından babanın yakalanıp bildiği her şeyi itiraf etmesi, işkenci sonrasında kırık dökük eve dönen anne ve yaşadıkları karşısında giderek akli dengesini yitiren dede...
Bütün bu trajik durumlar, Metin'in çocukça değerlendirmeleri ve biraz da muzur zekası nedeniyle zaman zaman komik bir hal alır. Eylül Fırtınası, Türkiye'nin en kritik dönemine, bir askeri darbeye bir çocuğun açısından bakan, insani bir film.